Издательство образовано в 1992 году как структурное подразделение Института математики им. С. Л. Соболева СО РАН.
Издательство Института математики выступает как ассоциированный член Издательства Сибирского Отделения РАН, тесно взаимодействуя с ним по всем направлениям деятельности.